在開始APP滲透測試時，根據需要制定步驟，并向委托方詳細說明需要使用的工具、方法等。具體操作時，會把滲透測試分成三個部分和階段，不同的角度使區別的方法有所不同，例如在理論上把滲透測試分為準備階段、滲透測試階段、整體對比與評估階段，而在技術操作上分為探測、攻擊滲透、目標權限獲取三個階段。
在具體的實施過程中要考慮以下因素：委托方規模、網絡分布、系統組成。本課程的測試目的、范圍、時間、地點、人員信息、風險規避的方法、整體計劃、過程等都有詳細的說明。整個測試由信息采集檢測、漏洞掃描和滲透攻擊三個部分組成，其中以信息采集、漏洞掃描、滲透攻擊為主。
(1)探測階段：采用市場上主要的軟件和工具，分別在兩個不同的APP上進行測試，得出結果后進行對比，然后在自動滲透測試集成系統中設計探測模塊。
(2)漏洞掃描階段：主要利用掃描工具，對網站進行掃描，獲取漏洞信息，總結掃描出的漏洞，總結各種掃描工具的優缺點，以供自動滲透測試集成系統中掃描模塊設計參考。
(3)滲透階段：采用終端操作和圖形界面操作兩種方式，滲透到APP，找出APP存在的安全問題，對測試結果進行詳細分析，修復存在的安全問題和漏洞后，設計自動化集成測試系統的滲透攻擊模塊。
(4)自動滲透測試階段：自動滲透測試系統的設計和實現，利用該系統對網站進行自動滲透測試，通過與前面單維度方法得出的測試結果進行對比，得出一定結論和兩種方法的優缺點，為今后網站的安全維護提供經驗。
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