專用發票一般有三聯，發票聯，抵扣聯，記賬聯。丟失的聯次不同，處理要求也不一樣。
具體如下：
法規依據：國稅發[2006]156號
1. 丟失發票聯， 可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查。
2. 丟失已抵扣聯， 如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯復印件留存備查; 如果丟失前未認證的，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證，專用發票發票聯復印件留存備查。
3. 丟失發票聯and抵扣聯， 如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證; 如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
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